Ученые из Санкт-Петербургского университета создали программу Antimicro. Она обрабатывает результаты анализа геномов микробов, которые находят в биологических образцах. Их разработка уникальна: это первая в мире программа, которая учитывает, чем микробиом россиян отличается от микробиома людей в других странах. Врачам она поможет быстро ставит диагнозы пациентам с непонятными симптомами.

Анализ бактериальной флоры нужен при инфекциях, чтобы точно найти возбудителя и подобрать правильное лечение. Но стандартные методы — например, посев или ПЦР — не всегда могут его определить. В таких сложных случаях используют метагеномное секвенирование. Это метод, который считывает всю ДНК из образца и анализирует все микробное сообщество разом.

С помощью метагеномного секвенирования мы можем находить не только бактерии, но и грибы, вирусы, паразитов. Мы также видим, насколько эти микроорганизмы устойчивы к антибиотикам, насколько они опасны и какую роль играют в обмене веществ, — пояснил один из разработчиков, Павел Сучко, биотехнолог центра «Сербалаб» и магистрант первого курса СПбГУ.

Сейчас быстрая расшифровка метагенома — популярная процедура в сложных случаях, но доступна она лишь в частных или крупных государственных лабораториях. Программы, которые используют для расшифровки, имеют недостатки. Специалисты СПбГУ учли эти минусы и создали Antimicro. Прототип уже представили на университетском конкурсе стартапов, где он дошел до полуфинала.

Как работает программа:

• Пользователь загружает данные.
• Antimicro их обрабатывает.
• Формирует подробное заключение.

В отчете указано, какие бактерии и в каком количестве есть в образце, и каков их уровень устойчивости к антибиотикам. По скорости Antimicro не уступает зарубежным аналогам, а во многом даже удобнее.

Во-первых, она полностью на русском языке, в то время как большинство конкурентов — на английском. Во-вторых, в ней есть подробная инструкция, так что разобраться сможет даже неопытный пользователь. Врачам не придется тратить много времени на самостоятельное изучение.

Кроме главного модуля для анализа, разработчики добавили и дополнительные:

• Справочник микроорганизмов и лекарств.
• Отдельный раздел для подбора терапии.

Такого в других программах нет.

Но главное — Antimicro учитывает особенности микробиома жителей России.

Люди в разных странах отличаются набором бактерий и их количеством. До недавнего времени микрофлору россиян анализировали по данным из других стран, потому что своих сведений не было. Мы исправили эту ситуацию, — отметил Лаврентий Данилов.

Важно, что программа работает в закрытом контуре. Данные о «микробиологическом паспорте» россиян надежно защищены и не могут быть использованы в немедицинских целях.

Ученые планируют получить сертификат Минздрава. Это значит, что метагеномное секвенирование можно будет сделать не только платно, но и по полису ОМС. Пока ни у одного подобного продукта такого сертификата нет.

По словам Лаврентия Данилова, Antimicro пригодится не только в медицине для спасения жизней и контроля хронических болезней, но и в других областях.

Программа получилась дешевле зарубежных аналогов. Сочетание цены, удобства и учета российских особенностей дает ей шанс вытеснить иностранный софт и помочь России достичь технологической независимости в этой области.

Основное критическое замечание касается стадии внедрения и валидации. Пока что мы видим прототип, дошедший до полуфинала стартап-конкурса. Ключевой вопрос: как программа покажет себя на больших массивах реальных клинических данных, а не в идеальных лабораторных условиях? Прохождение сертификации Минздрава — долгий и сложный процесс, требующий масштабных клинических испытаний, которые должны подтвердить не только аналитическую точность, но и клиническую эффективность (то есть реальное улучшение исходов для пациентов). Заявленное преимущество «учета российского микробиома» нуждается в открытых публикациях и строгих научных доказательствах, чтобы стать не просто маркетинговым тезисом, а общепризнанным научным фактом.

Ранее стало известно, что кишечный микробиом помогает перенести химиотерапию.