Исследование опубликовано в журнале Nature.

Пациенты с T-ALL до рецидива или устойчивости к лечению часто хорошо реагируют на первую терапию. Однако после рецидива прогноз может быть тяжёлым.

T-ALL — агрессивное заболевание, которое быстро прогрессирует. Генетическая основа болезни изучена недостаточно. Поэтому необходимы новые методы диагностики и лечения.

В этой работе впервые проведено комплексное профилирование всего генома у более чем 1300 детей, подростков и молодых взрослых с T-ALL. Это позволило выявить важнейшие особенности заболевания.

По словам доктора медицины Дэвида Т. Тичи, это значительное клиническое достижение. Теперь можно стратифицировать пациентов с Т-клеточным лейкозом, выявляя тех, кто имеет высокий риск рецидива. Так мы сможем лечить их новыми или альтернативными препаратами.

Предыдущие исследования не смогли выявить важные генетические изменения при T-ALL, так как они были сосредоточены на кодирующей части ДНК. Но только 1% ДНК является кодирующим, а остальные 99% — некодирующие.

Раньше учёные считали некодирующую область бесполезной, но сегодня признают, что она играет ключевую роль в регулировании биологических процессов. Она сигнализирует клетке о необходимости производства определённых белков, подобно тому, как страж порядка помогает людям безопасно переходить улицу.

Исследователи изучили более 1300 пациентов, которые проходили лечение в рамках клинического испытания COG AALL0434. Они провели секвенирование геномов каждого пациента — как опухолевых, так и неопухолевых.

Результаты исследования подтвердили, что некодирующая ДНК в T-ALL играет важную роль. Это открытие позволяет лучше понять биологию заболевания и разработать инновационные методы лечения. В том числе новые иммунотерапевтические препараты, созданные в CHOP и St. Jude.

Пациентов с T-ALL традиционно классифицировали по степени риска на основании их ответа на терапию и анализа белков клеточной поверхности. Но этот метод не позволял точно определить пациентов с хорошим прогнозом.

Новые данные показали, что более эффективным может быть геномный подход. Исследователи разработали модели, включающие генетику и ответ на лечение, для точной оценки риска пациентов с T-ALL. Сейчас они проверяют результаты, используя образцы пациентов из следующего исследования COG по T-ALL.

Чарльз Маллиган (на фото справа), MBBS, доктор медицины, заместитель директора Комплексного онкологического центра Детской исследовательской больницы Святого Иуды и член отделения патологии, говорит:

Удивительно, как много существует некодирующих изменений и как часто они связаны с возмущением энхансеров. Это может быть захват или кооптация существующего энхансера или даже появление нового энхансера. Теперь у нас есть более надёжная основа для изучения этих изменений в лаборатории. Мы лучше понимаем биологию и можем тестировать терапию. У нас есть чёткое представление о том, какие изменения нужно исследовать, чтобы создать диагностический тест.

Исследователи разделили T-ALL на 15 подтипов, учитывая различия в активности генов и причинах возникновения заболевания. Они уточнили классификацию уже известных подтипов и выяснили, что особенности заболевания зависят от того, какие именно гены повреждены, от других генетических изменений и от типа клеток, ставших основой для рака.

Также учёные обнаружили связь между видом генетических изменений при заболевании и его исходом. Это значит, что для определения прогноза и шансов на излечение важно не только то, какой ген изменён, но и то, как именно он изменён.

Тичи считает, что этот подход может найти более широкое применение. Результаты исследования позволят улучшить состояние пациентов и помочь большему числу детей и взрослых с T-ALL.