Вирусы — мастера маскировки. Их геномы прячут сотни потенциальных белков, которые ученые годами не могли обнаружить. Но теперь, благодаря методу массового параллельного профилирования рибосом (MPRP), команда Ширы Вайнгартен-Габбай нашла более 4000 скрытых участков в геномах 679 вирусов, связанных с человеком. Эти участки, называемые открытыми рамками считывания (ORF), могут кодировать белки — ключевые игроки в борьбе вируса с иммунитетом и мишени для вакцин.

Рибосомное профилирование — метод, который «фотографирует» момент, когда рибосома считывает РНК. По этим „снимкам“ можно понять, какие гены активны прямо сейчас. В MPRP это делают для тысяч фрагментов одновременно, отсюда и „массово параллельное“.

Результаты опубликованы в издании Science.

Раньше ORF искали с помощью компьютерных алгоритмов, но они часто ошибались. Выращивать опасные вирусы в лаборатории тоже рискованно. Ученые пошли другим путем: они разрезали вирусные геномы на фрагменты, внедрили их в клетки и отследили, какие участки РНК связываются с рибосомами — «фабриками» по производству белков. Так удалось найти сотни неизвестных пептидов. Некоторые из них управляют презентацией антигенов (то есть показывают иммунным клеткам, кого атаковать), влияют на Т-клеточный ответ или даже регулируют сборку вирусных белков.

Ниже — итоги в табличном формате, если вы любите таблички.

Польза исследования

• Вакцины: Новые ORF — новые мишени для вакцин, особенно против сложных вирусов вроде ВИЧ или герпеса.
• Диагностика: Можно обнаружить скрытые белки в крови, чтобы точнее выявлять инфекции.
• Иммунотерапия: Если понять, как вирусные пептиды управляют Т-клетками, можно усилить противоопухолевый иммунитет.

Метод MPRP выявляет ORF, но не доказывает, что все они работают в реальной инфекции. Вирусы могут «включать» эти гены только в определенных условиях, например, при хроническом заражении. Без дополнительных экспериментов часть находок останется лишь гипотезой.

Ранее ученые сообщили о новой результативной вакцине против ВИЧ.