Расшифрован недавно секвенированный геном земляники

Международный научный консорциум секвенировал геном лесной земляники.

Результаты исследования опубликованы в издании Nature Genetics.

Открытие, как ожидают исследователи, откроет новые возможности для выведения более вкусных и неприхотливых сортов ягод и других видов лесной продукции.

«Мы сформировали список частей земляники», сообщил ведущий ученый Кевин Фолта, доцент из института пищевых и сельскохозяйственных наук Флоридского университета. «Этот список незаменим для любого организма на Земле. И если ранее нам пришлось бы непосредственно вычислять составные части, то сегодня мы узнали их с помощью более простого метода».

С генетической точки зрения лесная земляника (Fragaria vesca) похожа на культивируемые сорта земляники, однако менее сложна и потому предпочтительней для исследований. Лесная земляника с 14 хромосомами обладает одним из наименьших геномов среди экономически важных растений, но при этом содержит примерно 240 млн основных пар.

Консорциум, состоящий из 75 ученых из 38 научных учреждений, которые секвенировали геном, включает двух ученых из Технологического института Джорджии — это профессор Марк Бородовский (на фото справа) и докторант Пол Бернс.

Как только ученые расшифровали геномную последовательность лесной земляники, Бородовский и Бернс возглавили работу по определению кодирующих белки генов. С помощью новейшей вероятностной программы распознавания деталей под названием GeneMark.hmm-ES+ Бородовский и Бернс идентифицировали 34809 генов, из которых 55% присвоены семействам генов.

Программа GeneMark.hmm-ES+ уже многократно определяла верные параметры алгоритма на основе последовательности ДНК и данных транскриптома. Программа использует вероятностную модель под названием Hidden Markov Model, чтобы точно определить границы между кодирующими последовательностями — экзонами — и некодирующими последовательностями, которые могут быть как интронами, так и межгенными областями.

27.12.2010