Они берут участки ДНК, которые достались животному одинаково от обоих родителей (это называют гомозиготностью), и превращают их в цветные полосы на виртуальных хромосомах.

Получается что-то   вроде генетического штрих-кода.

Потом эти картинки загружают в нейросеть, которая учится различать породы свиней и даже предсказывать, у кого могут быть проблемы с ногами.

Результаты исследования, поддержанного грантами Российского научного фонда (РНФ), опубликованы в журнале Biology.

Эксперимент провели на двух породах: крупной белой (568 свиней) и дюрок (600 свиней).

Нейросеть без ошибок угадывала породу, а в случае с дефектами конечностей точность составила 78,6% — это меньше, но все равно впечатляет, ведь такие признаки зависят от множества факторов.

Как это работает

• Сначала программой PLINK находят одинаковые участки ДНК.
• Потом рисуют их в виде цветных линий разной длины — от коротких (до 2 млн «букв» ДНК) до очень длинных (свыше 16 млн).
• Нейросеть анализирует эти узоры и выявляет скрытые закономерности.

Это прорыв в цифровой генетике, — говорит Мария Колосова, руководитель проекта.

Теперь мы можем не только отличать породы, но и заранее видеть риски болезней. Следующий шаг — применить метод к коровам и овцам.

Тимофей Романец, еще один автор исследования, добавляет:

Карты гомозиготности помогают контролировать родственное скрещивание. Это важно для селекции — чтобы избежать вырождения и повысить продуктивность.

Отметим, что 78,6% точности в прогнозировании дефектов — это все же не абсолют. Возможно, проблема в том, что признаки, связанные с конечностями, зависят не только от генетики, но и от условий содержания. Кроме того, нейросеть — «черный ящик»: даже с картами значимости не всегда понятно, как именно она принимает решения.

Этот метод — не просто игрушка для генетиков. Он позволяет:

• Ускорять селекцию — вместо многолетних проб и ошибок можно сразу отбирать животных с нужными признаками.
• Снижать риски — предсказывать наследственные болезни до их проявления.
• Сохранять разнообразие — контролировать инбридинг, который ведет к вырождению пород.

В перспективе технологию можно адаптировать для медицины — например, искать риски диабета или болезней сердца по ДНК.

Ранее ученые выяснили, что свиньи в Европе стали более плодовитыми благодаря китайцам.