Транспортные белки отвечают за перемещение веществ в клетку и из неё. Однако определить, что именно может переносить конкретный белок, сложно. Учёные из Университета Генриха Гейне в Дюссельдорфе разработали модель SPOT, которая с помощью искусственного интеллекта может предсказать это с высокой точностью. Результаты исследования опубликованы в научном журнале PLOS Biology. Вещества должны постоянно транспортироваться внутрь и наружу через клеточную мембрану, чтобы обеспечить выживание клеток и их функционирование. При этом не все вещества должны попадать в клетки, а некоторые процессы транспортировки должны быть управляемыми. Транспортные белки, или транспортеры, встроенные в клеточные мембраны, переносят различные вещества. Каждый транспортер приспособлен к определенной молекуле — так называемому субстрату, или небольшой группе субстратов. Исследователи ищут оптимальные пары «транспортер — субстрат». Профессор Мартин Лерчер из группы Computational Cell Biology и автор исследования, опубликованного в журнале PLOS Biology, рассказал, что экспериментально определить, какие субстраты соответствуют тем или иным транспортерам, очень сложно. Кроме того, сложно определить трёхмерную структуру транспортера, поскольку белки становятся нестабильными при выделении из клеточной мембраны.
Метод, который назвали SPOT, обучил модель глубокого обучения на 8500 парах «транспортёр-субстрат», проверенных экспериментально. Чтобы компьютер мог работать с белками-транспортерами и молекулами субстратов, биоинформатики из Дюссельдорфа преобразуют последовательности белков и молекул в числовые векторы. Их может обрабатывать искусственный интеллект. После обучения модель предсказывает, насколько вероятно, что определённые субстраты подойдут к транспортеру.
Кролл говорит, что это относится к любому транспортному белку, а не только к определённым классам схожих белков, как в других подходах. Модель можно применять в разных областях. Например, с её помощью можно изменить метаболические пути для производства биотоплива или адаптировать лекарства к транспортерам, чтобы они попадали в нужные клетки. 26.09.2024 |
Здоровье
Science: Ученые разрабатывают новый препарат для борьбы с малярией | |
В 2022 году почти 619 000 человек в мире ... |
PLoS Biology: Создана модель ИИ для определения оптимальных пар белков в клетках | |
Транспортные белки отвечают за перемещени... |
JCEM: Задержкой развития у младенца грозят регулярные недосыпы беременных женщин | |
Недосып у беременных может привести к&nbs... |
NPJ Parkinson’s Disease: Исследование дает надежду на лечение болезни Паркинсона | |
Болезнь Паркинсона, второе по распростран... |
NatComm: Люди с некоторыми психическими диагнозами реже прививаются от COVID-19 | |
Учёные из Каролинского института провели ... |
AJCN: 80% женщин испытывают дефицит железа к третьему триместру беременности | |
Во время беременности потребность женщины в&nb... |
NatComm: Исследователи нашли антитела против бактерии Klebsiella pneumoniae | |
Исследователи из Утрехтского университета... |
Science Translational Medicine: Открыт новый метод лечения фиброза печени | |
Исследование фармацевтического факультета Питт... |
Ученые намерены разработать цифровые инструменты для борьбы с депрессией | |
Физическая активность связана с депрессие |
PNAS Nexus: Свиньи могут быть звеном передачи крысиного гепатита Е людям | |
Исследования показали, что свиньи могут п... |
AJRCMB: У курильщиков и вейперов обнаружены схожие изменения в ДНК | |
Учёные из Медицинской школы Кека при ... |
Cancer Discovery: Клетки рака разметили, чтобы понять, как развиваются метастазы | |
Метастатический рак — это очен... |
Nature Medicine: ИИ прогнозирует, как генетические варианты влияют на здоровье | |
Предрасположенность к заболеваниям во&nbs... |
Advanced Materials: Новый спрей защитит от множества респираторных инфекций | |
Исследователи из Бригама разработали наза... |
FMicB: Антитело для Campylobacter jejuni дает надежду на разработку вакцины | |
Бактериальные инфекции, вызывающие энтерит и&n... |
EHP: Шум аэропорта нарушает качество, а не длительность сна, но все еще впереди | |
Шум от самолётов по ночам нарушает с... |
В России разработан новый алгоритм лечения пациентов с повреждениями костей таза | |
В конце декабря 2023 года группа учёных кафедр... |
Nature Neuroscience: Нейростимуляция контура мозга поможет в лечении ПТСР | |
Учёные из больницы Brigham and Women's Ho... |
Nature Communications: Раскрыт механизм, запускающий аутофагию | |
Новый механизм аутофагии — процесса... |
Проблемы со зрением и сфинктером могут предсказать развитие рассеянного склероза | |
Учёные из Федерального университета Баии ... |
Frontiers in Toxicology: В пищевой упаковке найдены сотни канцерогенов | |
Исследователи определили около 200 потенциальн... |
PsychRes: У тучных во время беременности матерей чаще рождаются аутисты | |
У детей, чьи матери страдали ожирением до... |
JPC: Открыты ключевые моменты в структуре холестерина в клеточных мембранах | |
Влияние холестерина на клеточные мембраны... |
Journal of Neuroscience: Нарушать быстрый сон опасно для здоровья | |
Учёные выяснили, что рецептор мелатонина ... |
CRT: Новый метод обнаруживает в клетках биооксидант, полученный из CO₂ | |
Углекислый газ в атмосфере может пов... |
Science: Разработан деградирующий белок для трудноизлечимого рака | |
Ген KRAS — один из самых мутир... |
Cancer Discovery: Инновационная модель дает ценные сведения о раке простаты | |
Учёные из Weill Cornell Medicine с п... |
В США доказали важность УЗИ плода на 20 неделе беременности | |
Пациенты с государственной страховкой Med... |
В Казани проведут мероприятие ко Всемирному дню борьбы с болезнью Альцгеймера | |
24 сентября в Казани пройдёт лекция, посв... |
Nature Methods: Компактные «генные ножницы» эффективно редактируют геном | |
Системы CRISPR-Cas — это защит... |