Штаммы Aspergillus fumigatus, инфицирующие человека, имеют значительно измененный метаболизм по сравнению с другими штаммами, обитающими в окружающей среде. В то же время заражение этим грибком приводит к явному изменению микробиома легких человека. Исследователи из Института Лейбница по изучению натуральных продуктов и биологии инфекций (Leibniz-HKI) в Йене (Германия) пришли к такому выводу, проанализировав с помощью моделей машинного обучения геномные данные около 250 штаммов грибов и данные микробиома легких 40 пациентов. Гриб Aspergillus fumigatus широко распространен в окружающей среде, где выполняет важные экологические функции. В то же время он является оппортунистическим патогеном человека. Это означает, что он может заражать людей с ослабленной иммунной системой и вызывать такие опасные для жизни заболевания, как аспергиллез. Лечение затруднено из-за ограниченного числа лекарств, доступных для лечения грибковых инфекций. Однако, как выяснили исследователи из Leibniz-HKI, штаммы грибков, встречающиеся в окружающей среде, и клинические штаммы, полученные из образцов пациентов, существенно различаются. В предыдущем исследовании команда уже обнаружила, что генетическая информация около 250 штаммов Aspergillus fumigatus различного происхождения совпадает лишь примерно на 70%. Для сравнения, генетическая информация человека и свиньи идентична примерно на 95%.
Он возглавляет отдел динамики микробиома в Leibniz-HKI и является профессором Университета Фридриха Шиллера в Йене (Германия).
Исследовательская группа разработала компьютерные модели, предсказывающие метаболические реакции и продукты для 250 различных штаммов на основе геномных данных и современных знаний о метаболических путях.
Затем Мирхаккак и его соавтор Сюцян Чен использовали разработанную ими модель для изучения образцов 40 пациентов с муковисцидозом до и после подтвержденной инфекции Aspergillus fumigatus. Используя метагеномные данные образцов, они смогли расшифровать состав микробиома легких до и после инфицирования. Другими словами, они определили микроорганизмы, обитающие в легких каждого пациента.
Даже когда исследователи смоделировали так называемые нокауты — штаммы грибов, которые нежизнеспособны сами по себе из-за отключения определенных метаболических путей, — они выжили благодаря помощи микробиома легких. По крайней мере, в компьютерной симуляции другие микроорганизмы брали на себя производство жизненно важных метаболитов.
07.08.2023 |
Биосфера
PNAS: Огненные муравьи вдохновили на создание идеального адаптивного материала | |
Огненные муравьи создают плоты, чтобы пережить... |
Nature: Орангутан первым среди животных лечился припаркой из целебных трав | |
Орангутан с острова Суматра удивил ученых... |
Frontiers in Bee Science: Жара мешает шмелям полноценно размножаться | |
В результате климатического кризиса глобальное... |
Низкоинтенсивный выпас лучше для биоразнообразия, но не для землепользователей | |
Выпас как домашних, так и диких... |
Journal of the AChemSociety: Синтетика вызывает хаос в первичном бульоне | |
Наше тело состоит из триллионов различных... |
Evolution: Островные летучие мыши одного вида эволюционируют по-разному | |
Исследователь из Мельбурнского университе... |
ACS Nano: Зубы нутрий и бобров помогут ученым вывести формулу совершенной эмали | |
Болтливые белки, очаровательные нутрии и ... |
New Phytologist: Сети прожилок на листьях появились 201 млн лет назад | |
По мнению исследовательской группы под ру... |
GBE: ДНК древних пингвинов Адели выявило повторы возрастом сотни миллионов лет | |
Микросателлиты — ценный инструмент ... |
Current Biology: У бенгальских кошек в ДНК лишь несколько процентов от леопарда | |
Если вы задаетесь вопросом, кому принадле... |
Science: Облик будущих партнеров запечатлен у бабочек Heliconius в генах | |
Тропические бабочки Heliconius хорошо известны... |
BioDesign Research: Для производства каротиноидов разработали специальные дрожжи | |
Более 90% коммерчески доступных каротиноидов п... |
Познакомьтесь со странной амфибией, которая выкармливает своих детенышей молоком | |
Некоторые цецилии выкармливают своих детенышей... |
Nature Neuroscience: Ученые доказали, что терпение приносит свои плоды | |
В новом исследовании неврологи показали, как&n... |
Ecology: Японские медведи в поисках пищи разоряют лесопосадки | |
Бурые медведи, добывающие пищу на полуост... |
FEARC: Археологи используют фундук для реконструкции древних лесных массивов | |
Если бы мы могли встать на мест... |
Геномы бабочек и мотыльков практически не изменились за 250 млн лет эволюции | |
Самый обширный анализ такого рода показывает, ... |
Гигантские антарктические морские пауки удивили всех отношением к потомству | |
Размножение гигантских морских пауков в А... |
Ученые намерены глубже понять жизнь на Земле благодаря имиджеомике | |
Имиджеомика, новая область науки, за посл... |
Palaeontology: Древнейшая ископаемая рептилия из Альп оказалась подделкой | |
Окаменелость возрастом 280 млн лет, котор... |
Nature: Стволовые клетки растений подскажут, как развивается рак | |
Крошечный корень растения толщиной не бол... |
Nature: Как плодовые мушки управляют навигационной системой мозга | |
Когда мы идем по улице, у нас&n... |
Переселенные овсянки со временем разучивают все песни, необходимые для выживания | |
Птенцы певчих птиц, переселенные в рамках... |
Animal Behaviour: Козы по голосу определяют, злой хозяин или добрый | |
Козы могут отличить счастливого человека от&nb... |
Маленькие-то какие хорошенькие! Ученые впервые увидели новорожденную белую акулу | |
Вы удивитесь, но большие белые акулы, сов... |
Current Biology: Сумчатая мышь из Австралии жертвует сном ради секса | |
Всем живым существам необходим сон. Когда люди... |
Scientific Reports: Перья у динозавров могли появиться как средство запугивания | |
Небольшие всеядные и насекомоядные диноза... |
СПбГУ: Вот почему сальмонелла по-разному заражает животных, насекомых и растения | |
Ученые СПбГУ с коллегами провели исследов... |
FEM: Ученые предлагают сушить живые деревья ради сохранения биоразнообразия | |
Экологам давно известно, что мертвые дере... |
EEH: Ученые призвали не игнорировать влияние кожного микробиома на здоровье | |
Эпидермальные микроорганизмы, жизненно важные ... |